鲁迅与章士钊都是1881年出生，章士钊比鲁迅大半岁。鲁迅与章士钊虽是同龄人，但两人思想分歧却很大。鲁迅与章士钊的分歧首先表现在对待新文化运动的态度上。鲁迅主张文学革命，倡导白话文，积极推行新文化运动，章士钊则提倡尊孔读经，以“捍卫国粹”之名极力反对新文化运动。双方各执己见，以至于打起“笔仗”。

鲁迅与章士钊一度曾为教育部同事，但是一个是社会教育司的佥事（科长），一个是高高在上的教育总长，按说不会有什么交集，但是，“女师大学潮”却使两人尖锐的对立起来了。1923年，应好友许寿裳之邀，鲁迅在北京女子师范大学任国文系兼任讲师。1925年初，北京女子师范大学的学生因不满校长杨荫榆，遂于1月18日发动“驱杨”运动，宣布从即日起不再承认杨荫榆为校长，由此引发了一场“女师大学潮”。许多教授、学者都卷了进去，时任教育部佥事兼女师大讲师的鲁迅坚决支持学生举动，这自然引起了教育总长章士钊的不满。

起初，章士钊对鲁迅采取拉拢和说服。他派人劝说鲁迅：“你不要闹，将来给你做校长”，鲁迅断然拒绝，这让章士钊十分恼火。章士钊一看软的不行，便来硬的。他以鲁迅身为教育部官员，竟然参与学生闹事，并任维持会总务主任，支持学生对抗政府等为由，于1925年8月12日呈请段祺瑞政府免去鲁迅教育部佥事的职务。章士钊在呈函中说：“敬折呈者，窃查官吏服务，首在恪守本分，服从命令。兹有本部佥事周树人，兼任国立女子师范大学教员，于本部下令停办该校以后，结合党徒，附和女生，倡设校务维持会，充任委员，似此违法抗令，殊属不合，应请命令免去本职，以示惩戒(并请补交高等文官惩戒委员会核议，以完法律手续)。是否有当，理合呈请鉴核旅行。仅呈临时执政。”段祺瑞收到章士钊呈送公函的当天，就下令照准了。这样一来，在教育部干了14年，多次受到嘉奖的鲁迅就被免职了。

鲁迅被免职后，许广平等学生来看他。鲁迅靠在躺椅上说：“章士钊将我免职，我倒并没有你似的觉得诧异；他那对于学校的手段，我也没有你似的觉得诧异。因为我本就没有预期章士钊能做出比现在更好的事情来。我们看历史，能够根据过去推知未来，看一个人的已往的经历，也有一样的效用。你先有了一种无端的迷信，将章士钊当作学者或知识阶级的领袖看，于是从他的行为上感到失望，其实是作茧自缚。”随后，鲁迅写下了《费厄泼赖应该缓行》和《纪念刘和珍君》两篇檄文。文章中，鲁迅用火一样愤怒的语言斥责了章士钊的劣行，指出其是一只必须穷追猛打的“落水狗”。

除了撰文声讨，鲁迅还拿起了法律武器。1925年8月15日，鲁迅向平政院起草了一份起诉书，状告教育部总长章士钊。鲁迅在起诉书中说：“树人充教育部佥事，已十有四载，恪恭将事，故任职以来屡获奖叙。讵教育总长章士钊竟无故将树人呈请免职，查文官免职，系惩戒处分之一。依《文官惩戒条例》第十八条之规定，须先交付，惩戒始能依法执行。乃滥用职权，擅自处分，无故将树人免职，显违《文官惩戒条例》第一条及《文官保障法草案》第二条之规定。此种违法处分，实难自甘缄默。”鲁迅在起诉中抓住“程序违法”大做文章。按照当年的惩戒程序，须先备惩戒文书交付“高等文官惩戒委员会”进行审查，章士钊虽然在呈函中说“补办”，但毕竟没有先行这一步骤。鲁迅紧紧抓住章士钊违反程序和认定超前的错误，这就为推翻章士钊呈请的“免职理由”提供了有力的依据。收到鲁迅诉状副本后，章士钊作了书面答辩，答辩状甚长。章士钊罗列了鲁迅的许多不端行为，陈列了一通处置有理的辩说，但却丝毫没有诠释程序违法。章士钊以教育部的名义，在答辩状中委婉地承认“补办”的确存在“程序违法”的瑕疵，但他辩解说，当时女师大形势危急，不采取处分鲁迅的果断措施，其他人可能跟着起哄，学潮不容易平息。他还在答辩状中详细描述了鲁迅的所作所为，认为鲁迅的言行与教育部职员的身份严重不合，暗指将鲁迅免职“实体”上是“合法”的。该答辩传交鲁迅后，鲁迅又进行了反辩。鲁迅说，章士钊所列诸项指控只能算教员鲁迅的行为而非官员鲁迅的行为，“在部则为官吏，在校则为教员，两种资格各有职责，不容牵混”。鲁迅反驳的另一条理由，是说他本人收到校务维持会委员委任状为8月13日，而章士钊呈免职状则在8月12日，未任先免，该罪项不能成立。鲁迅之所以能扳倒章士钊还有另外一个原因。平政院是袁世凯统治时期开始设立的行政裁判机关，负责弹劾和审理违法官吏，类似于前清的御史台。章士钊自1912年《中华民国临时约法》颁布之时起，就反对设立平政院，主张官民一律受制于普通法院。正是章士钊反对设立的平政院，让章士钊输了官司。

1926年3月16日，平政院判鲁迅胜诉。23日，平政院下达了“教育部之处分取消之”的裁决书。裁决结束后，按照法律程序，还需要呈最高当局批准。1926年3月31日，国务总理贾德耀签署了给教育总长易培基的训令(临时执政训令第十三号)，批准撤销教育部对鲁迅的处分。但是，实际上此前章士钊已经离职。1925年11月19日，章士钊在北京魏家胡同十三号的家被广大群众和学生捣毁。章士钊无暇顾及与鲁迅的官司，匆匆逃到天津，他的教育总长职务随之也被免去。

章士钊的女儿章含之说，她小时候有一次曾气冲冲地跑回家去责问父亲当年为什么要迫害鲁迅，镇压学生？章士钊异常平静地对女儿说：“一个人的功过是非，历史自有公论。现在对你讲，你听不懂，也听不进去。我和鲁迅之间，有些事情是误会。以后你长大了自己去读历史，自己去判断吧！”章士钊晚年谈起鲁迅与他之间的芥蒂时，颇有风趣地说，“哪里有这么多文章好做哟！鲁迅要是活到解放，我和他很可能是朋友呢！”他笑着说：“我和鲁迅硬是有缘！”